Nici biserica ortodoxă nu a fost ferită de loviturile vrăjmașe. La retragerea trupelor, in 1944, trupele maghiare au devastat biserica, instalând în turlele ei, posturi de observație, apoi au
bombardat-o cu tunurile. Mobilierul și pictura au fost complet distruse.

Firava administrație românească din perioada septembrie- 15 noiembrie 1944 n-a fost în măsura sa creeze o atmosfera de liniște și siguranță, fiind permanent obstrucționată în măsurile luate. Acest lucru s-a reflectat din plin asupra reluării unei vieți firești in comunitățile românești.

Preotul Gheorghe Lincu (foto deasupra), relatează cauza acestei insecurități manifestate la tot pasul, „nu îndrăznesc nici ceilalți preoți să se stabilească definitiv în parohii, ei practicând naveta pentru serviciile religioase în zile de duminică și sărbători, acolo unde se putea”. În fapt, scopul final era acela de a-i determina pe cei plecați să nu mai revină, iar cei ramași să fie siliți să plece cât mai degrabă.

În preajma sărbătorilor Nașterii Domnului, din decembrie 1944,Pr. Gheorghe Lincu este unul din preoții care va avea de suferit pe seama acestei reîntoarceri, chiar provizorie, în parohia ortodoxă din Chichiș. La reîntoarcerea din Dobolii, unde se refugiase, părintele a găsit biserica aproape distrusă, casa parohială servea pichetului de grăniceri, iar credincioșii trecuți în majoritate la confesiunile maghiare într-un mod umilitor si degradant. În ajunul Anului Nou, pr. Lincu este arestat, fapt relatat astfel intr-o scrisoare adresată Arhiepiscopiei Ortodoxe de Alba Iulia și Sibiu și întocmită de pr. Alexandru Petruț, protopopul din Sfântu Gheorghe: „Înainte de a intra în Biserică s-au prezentat doi gardieni de la poliția maghiară, care l-au invitat să meargă la Primărie, sub pretextul că are ceva de lucru acolo. La Primărie i s-a spus că trebuie să meargă la Sfântu Gheorghe pentru a fi anchetat. A fost luat intre doi gardieni înarmați până în dinți, dus sub escortă pe jos până la Sfântu Gheorghe, unde a fost purtat pe străzi, huiduit de populație, amenințat cu moartea și în fine aruncat în pivnița umedă și rece a poliției, fără a avea posibilitatea să întrebe pentru ce este arestat, până în ziua de 04. ianuarie, când a fost judecat. I s-a imputat că a silit cu forța pe foștii credincioși din Chichiș să revină la ortodoxie și că din cauza dânsului au fost internați în lagărul de la Feldioara cinci credincioși”. Evident, era vorba de o înscenare, in condițiile în care preotul Lincu se străduise să elibereze din internare pe mulți credincioși. A fost maltratat, cu o cruzime de neimaginat, ținut cu răni adânci într-un beci, complet dezbrăcat în frig și umezeala. În urma demersurilor repetate ale preotesei către Arhiepiscopia Sibiului, pe baza unui certificat medical, a fost scos din pivniță si internat în spitalul din Sfântu Gheorghe, tot sub stare de arest.

În încheierea mesajului către Arhiepiscopia Sibiului, pr. Alexandru Petruț roagă în numele soției preotului Gheorghe Lincu, sa binevoiască Înalt Prea Sfințitul Mitropolit, a face demersurile necesare pentru eliberarea lui, căci arestarea sa e de natură a descuraja și pe alți preoți de a se mai prezenta în Secuime.

În 1947, parohia ortodoxă din Chichiș avea 71 de ha de teren din care 49 ha de pădure, doua case parohiale și „casa parohială locuită de clopotar”. Prin grija preoților parohi și cu sprijinul Direcției Monumentelor Istorice, biserica ortodoxă veche a fost restaurată. In preajma bisericii se află cimitirul vechi ortodox din sec. al XVIII-lea.

Cu sprijinul Prea Sfinției Sale Ioan Selejan, pe atunci episcop al Episcopiei Ortodoxe a Covasnei și Harghita, nou înființată( 1994-Septembrie 16), biserica nouă și casa parohială au fost reparate, viața comunitară reactivată, sfântul locaș fiind cuprins în itinerariile cetelor de colindători și grupurilor de studenți și elevi, preocupați de reînvierea tradițiilor strămoșești. Prin osârdia preotului Ioan-Florin Gavrilă, cu sprijinul Episcopiei și al enoriașilor, pictura interioară a fost restaurată în chip minunat de către pictorii Cezar Ivana și Alexandra Ocnean din București. Slujba de sfințire a picturii restaurate și a bisericii în întregul ei (deoarece biserica nu a fost sfințită), a fost oficiată de către P.S. Ioan Selejan, împreună cu un sobor de preoți, duminică, 21 octombrie 2001, eveniment la care au participat sute de credincioși din parohiile învecinate, reprezentanți ai autorităților locale și județene și ai societății civile. La Sfânta Liturghie Arhiereasca au fost prezenți si cetățeni maghiari din localitate, împreună cu preoții lor.